Как развестись при разделенной прописке и нахождении в разных городах?

Если вы оба согласны на расторжение брака, то развестись можно чрез ЗАГС.

Федеральный закон от 15.11.1997 N 143-ФЗ (ред. от 31.12.2014) "Об актах гражданского состояния"

Статья 31. Основания для государственной регистрации расторжения брака

Основанием для государственной регистрации расторжения брака является:

"совместное заявление" о расторжении брака супругов, не имеющих общих детей, не достигших совершеннолетия;

Статья 32. Место государственной регистрации расторжения брака

Государственная регистрация расторжения брака производится органом записи актов гражданского состояния по месту жительства супругов (одного из супругов) или по месту государственной регистрации заключения брака.

Статья 33. Порядок государственной регистрации расторжения брака по взаимному согласию супругов, не имеющих общих детей, не достигших совершеннолетия

1. При взаимном согласии на расторжение брака супругов, не имеющих общих детей, не достигших совершеннолетия, расторжение брака производится органом записи актов гражданского состояния.

2. Супруги, желающие расторгнуть брак, подают совместное заявление о расторжении брака в письменной форме лично или направляют указанное заявление в форме электронного документа через единый портал государственных и муниципальных услуг в орган записи актов гражданского состояния. Заявление о расторжении брака, которое направляется в форме электронного документа, подписывается усиленной квалифицированной электронной подписью каждого заявителя. Указанное заявление может быть подано через многофункциональный центр предоставления государственных и муниципальных услуг.