Имея свидетельство СРО, организация привлечена к административной ответственности за работу без лицензии МЧС - правомерно ли это?

Да, правомерно. Почитайте ivo.garant.ru

Как видим, выполнение работ по огнезащите материалов, изделий и конструкций входит в перечень работ и услуг, составляющих деятельность по монтажу, техническому обслуживанию и ремонту средств обеспечения пожарной безопасности зданий и сооружений, и на производство таких работ требуется лицензия на основании п.15 ч.1 ст.12 ФЗ "О лицензировании...."