Прокурор и ФНС обратились в суд для взыскания ущерба от уклонения от уплаты налогов - как отстоять свои интересы в данной ситуации?

В целом правовая позиция прокурора и ФНС соответствует складывающейся судебной практике. (Например: Кассационное определение Верховного Суда РФ от 30.07.2014 N 3-УДп14-2)

Так, в соответствии со ст. 1064 ГК РФ вред, причиненный личности или имуществу гражданина, а также вред, причиненный имуществу юридического лица, подлежит возмещению в полном объеме лицом, его причинившим.

Данные требования корреспондируют положениям ст. 54 УПК РФ, согласно которым в качестве гражданского ответчика может быть привлечено физическое или юридическое лицо, которое в соответствии с Гражданским кодексом РФ несет ответственность за вред, причиненный преступлением.

Как разъяснено в п. 24 Постановления Пленума Верховного Суда Российской Федерации от 28 декабря 2006 года N 64 "О практике применения судами уголовного законодательства об ответственности за налоговые преступления", истцами по гражданскому иску могут выступать налоговые органы (пп. 16 п. 1 ст. 31 НК РФ) или органы прокуратуры (ч. 3 ст. 44 УПК РФ), а в качестве гражданского ответчика может быть привлечено физическое или юридическое лицо, которое в соответствии с законодательством (статьи 1064 и 1068 ГК РФ) несет ответственность за вред, причиненный преступлением (статья 54 УПК РФ).

Таки образом, в тех случаях, когда суммы налогов, пени и штрафов не уплачены юридическим лицом, ущерб может быть взыскан с виновного лица, коим в большинстве случаев является генеральный директор Общества.

В данном случае Вам прежде всего необходима квалифицированная юридическая помощь, причем не только в рамках уголовного преследования, но и в рамках заявленного гражданского иска.