Налоговая организация начислила пени за подачу декларации, несмотря на ее своевременную подачу и ранее совершенный платеж

В декабре 2014 года была продана квартира собственностью менее 3 х лет. В июне 2015 года была подана декларация в налоговую организацию и пока она была на рассмотрении мы уже внесли платежь по квитанции через Сбербанк. В сентябре внезапно приходит извещение на почту, что в декларации утерян один листок и наш платёж не был найден. Обратились ещё раз в налоговую, объяснили ситуацию, показали письмо. Налоговая нашла нашу ранее поданную декларацию, и подтвердили, что там отсутсвует один лист. Как такое могло произойти мы не понимаем, так как декларацию у нас принимал специалист налоговой и мы точно помним, что заполоняли его. Нам дали новые бланки для подачи НОВОГО заявления. Мы переписали его и подали ещё раз. Ни о каких издержек и пенях речь не шла. Так же мы подали заявление на поиск ранее совершенного платежа по декларации. Платёж был найден. В ноябре месяце нам приходит ещё одно письмо от налоговой с извещением, что нужно явиться 28-29 декабря к главе налоговой организации, так как декларация была подана поздно и начислены пени в размере 24000 руб. Налоговую декларацию нам засчитали аж с сентября месяца, когда она была переписана! Но мы подавали её ранее, в июне! И платёж так же датируется июнем 2015 года! Как нам быть в этой ситуации?