Остановка автомобиля полицией в темное время суток без нарушений - была ли это правомерная действия?

Да, имеют право.

Приказ МВД РФ от 20.04.1999 N 297 (ред. от 31.08.2007) "Об утверждении Наставления по работе дорожно-патрульной службы Государственной инспекции безопасности дорожного движения Министерства внутренних дел Российской Федерации" (Зарегистрировано в Минюсте РФ 30.04.1999 N 1771)

13.7. Основанием для остановки транспортных средств являются:

а) нарушение правил дорожного движения водителями или пассажирами;

б) наличие данных, свидетельствующих о причастности водителя, пассажиров к совершению ДТП, административного правонарушения, преступления;

в) нахождение транспортного средства в розыске, а также наличие данных об использовании транспортного средства в противоправных целях;

г) необходимость опроса водителя или пассажиров об обстоятельствах совершения ДТП, административного правонарушения, преступления, очевидцами которого они являются;

д) выполнение решений уполномоченных на то государственных органов или должностных лиц об ограничении или запрещении движения;

е) необходимость привлечения водителя или транспортного средства для оказания помощи другим участникам дорожного движения или сотрудникам милиции;

ж) проверка документов на право пользования и управления транспортными средствами, а также документов на транспортное средство и перевозимый груз - только на стационарных постах ДПС, контрольных постах милиции и контрольно - пропускных пунктах.

В период проведения специальных мероприятий допускается остановка транспортных средств вне стационарных постов с целью проверки водительских и регистрационных документов, а также документов на перевозимый груз.