Мы с мужем взяли квартиру в ипотеку и некоторую суму погасили материнским капиталом. У меня двое детей. Что будет после развода.

Будет происходить раздел общего нажитого имущества, но на взысканию, либо возврат вам уплаченной суммы выданной вам в качестве материнского капитала вы права иметь будете т.е. раздел недвижимости + вам 200 000 рублей.

Материнский капитал - мера поддержки всей семьи. Одним из условий является выделение в собственности доли каждому члену семьи. Если этого не было сделано - сделайте сейчас. В этом случае при разводе каждому (и вам, и мужу и детям) останутся их доли в собственности