Если соблюдение лицензионных требований не являлось ни целью, ни задачей ни предметом проверки!!

Добрый день! Ув. юристы, подскажите. Имеющаяся ситуация завела меня в тупик. За период с 05.10.2015 по 30.10.2015 нашу медицинскую организацию проверял ТО Росздравнадзора. Проверка проходила на основании приказа руководителя этого ТО. Цель проверки - выполнение плана проверок на 2015 год. Задача проверки - проведение контрольных (надзорных) мероприятий по соблюдению муд.организацией прав граждан в сфере охраны здоровья, порядков проведения мед.экспертиз, мед.освидетельствований, мед.осмотров, осуществлению внутр.контроля качества и безопасности мед. деят-ти, правил обращения лекарственных средств при осуществлении медицинской деятельности, оборота наркотических средств, психотропных веществ и их прекурсоров, соблюдения правил в сфере обращеия мед. изделий, контроль соблюдения запрета курения табака, соблюдения медицинскими, фармацевтическими работниками и руководителем мед организаций ограничений, применяемых к указанным лицам при осуществлении проф. деятельности. По результатам проверки проверяющими был составлен акт от 30.10.2015, а так же предписание. в котором указано, что у нас выявлены нарушения приказа минздравсоцразвития 346н от 12.05.2010, в части оснащения некоторых структурных подразделений оборудованием. И в этом предписании указано, что оснастить до 10.05.2016. Через 1,5 месяца, наш местный Минздрав оформляет в отношении начальника нашего учреждения протокол и вменяет ему ч. 3 ст. 19.20 КоАП (основания для этого проверка Росздрава и акт Росздрава), и передает материалы в суд. Проверка соблюдения лицензиатом лицензионных требований в отношении нас не проводилась (наш лицензирующий орган - Минздрав). Мировой судья согласившись с Минздравом, и не обратив внимания на наши доводы привлекает начальника к адм.отв-ти и назначает штраф 20 000 р. мотивируя это тем, что Минздрав имеет право по результатам проверки росздрава оформить протокол! А как же правила оформления протокола? Сроки его оформления?! Судья на этот момент как-то не обратила внимание! Как быть? Почему местный Минздрав (не проводя проверки своей) на основании результатов проверки росздрава оформляет протокол?! Если соблюдение лицензионных требований не являлось ни целью, ни задачей ни предметом проверки!! Прошу помочь!