Если гражданин Казахстана просрочил срок пребывания в РФ на один день что за это будет?

Вам не избежать штраф. Статья 18.8. КоАП РФ. Нарушение иностранным гражданином или лицом без гражданства режима пребывания в Российской Федерации Нарушение иностранным гражданином или лицом без гражданства режима пребывания в Российской Федерации, выразившееся в несоблюдении установленного порядка регистрации либо передвижения или порядка выбора места жительства, в уклонении от выезда из Российской Федерации по истечении определенного срока пребывания, а равно в несоблюдении правил транзитного проезда через территорию Российской Федерации, - влечет наложение административного штрафа в размере от пяти до десяти минимальных размеров оплаты труда с административным выдворением за пределы Российской Федерации или без такового.

При таких исходных условиях оптимальным вариантом будет непосредственно перед отъездом прийти в местное отделение ФМС, признаться в превышении срока пребывания в РФ, получить протокол и постановление о привлечении к административной ответственности, заплатить штраф, после чего со всеми документами, включая квитанцию об оплате штрафа, выезжать только из страны. Если у сотрудника пограничной службы (а не таможни) возникнут вопросы, показать эти документы. Возможно Вам удастся, избежать запрета на въезд в РФ.