В случае аннулирования лицензии, субъект ее получивший, лишается права осуществлять деятельность, для которой была выдана данная лицензия. Таким образом, в случае аннулирования лицензии институтом, последний теряет право осуществлять какие либо действия связанные с образовательной деятельностью т. п. Поэтому выдать Вам справку об академ.отпуске институт право не имеет, т.е. уже не уполномочен на данные действия. А если проще говоря, пока институт не решит вопрос с лицензией, его де юре не существует.