А если бы Вы изначально зашли не со стороны КАСа, а со стороны ГПК? Условно говоря, при подаче иска по КАС разделение требований (признание бездействия незаконным и компенсация морального вреда) возможно. Поэтому, судья вполне справедливо разделил их на основании ч.2 ст.16.1 КАС.

А если бы Вы подали иск по ГПК? Тогда разделение требований уже невозможно (нельзя компенсировать моральный вред без признания бездействия незаконным). Соответственно, на основании ч.1 ст.33.1 ГПК судье пришлось бы рассматривать оба требования вместе. Тем более, что согласно ст.151 ГПК, истец вправе соединить несколько связанных требований в одном иске.

Еще рекомендую почитать статью Величко М.Б. "Соединение исковых требований в административном судопроизводстве". Там этот вопрос очень подробно разобран. В частности, Судебная коллегия по административным делам Верховного Суда РФ в определении от 18.01.2017 №56-КГ 16-37 высказалась, что при обращении гражданина с иском в порядке гражданского судопроизводства с требованиями о признании незаконным акта субъекта публичной власти и возмещении ущерба, компенсации морального вреда, все требования подлежали бы рассмотрению в таком порядке. Однако, если бы гражданин с данными требованиями обратился в порядке административного судопроизводства, то требования подлежали бы раздельному рассмотрению - о признании незаконным акта субъекта публичной власти в порядке административного, а остальные - гражданского судопроизводства, для которого заявление первого из перечисленных требований не обязательно.