До 2007 года мы работали по общей системе налогооблажения.

Ваша организация не вправе была подавать заявление о применении УСН, т.к. для вашей ситуации содержится прямой запрет в пп.1 п.3 ст. 346.12 НК РФ. Что касается уведомления налоговиков о возможности применения УСН, так это уведомление не носило разрешительного характера, т.е. налоговики не принимают никакого решения по заявлению. Порядок перехода на УСН является уведомительным (заявительным) и бремя наступления неблагоприятных последствий незнания или игнорирования указанной нормы НК РФ несет ваша организация. Перейти на общий режим налогообложения ваша организация обязана была с начала того квартала, в котором у вас появился филиал.

В то же время следует учитывать один нюанс. Если филиал создан только юридически, но не фактически, т.е. нет Положения о филиале или в Положении о филиале отсутствуют: сведения об его утверждении юридическим лицом, сведения о руководителе филиала, о наделении филиала имуществом юридического лица; отсутствуют доказательства о назначении обществом директора филиала и о доверенности, то организация имела право на применение УСН, даже несмотря на наличие сведений о филиале в уставе. В таком случае налоговики не вправе требовать перехода на общую систему и неправомерные действия, решение налоговиков можно обжаловать в суд. Несомненно, что доказательства отсутствия фактической деятельности филиала должна представлять ваша организация. По этому моменту имеется судебная практика.