И что можно будет предпринять, если исковые требования суд не удовлетворит?

Уважаемые юристы! Очень нужна ваша помощь или совет. В 2013 году государственное предприятие было преобразовано в ОАО. При составлении передаточного акта были ошибочно завышены активы. Которые вошли в размер уставного капитала ОАО. Выпуск акций был зарегистрирован в Центральном банке России, все как полагается. Позднее ошибка выяснилась и собственник принял решение уменьшить уставной капитал путем уменьшения номинальной стоимости акций. И с этого момента Обществом была опять допущена ошибка, которую сегодня надо устранить, а именно: Общество, не проведя гос.регистрацию нового выпуска ценных бумаг, обратилось в налоговый орган и внесло изменения в Учредительные документы, которые были благополучно зарегистрированы налоговой. По истечении длительного времени (так уж получилось) попытались провести регистрацию акций. И при обращении в ЦБ с заявлением о регистрации нового выпуска акций были выявлены все эти нарушения. Банк не регистрирует акции, так как есть несоответствия в учредительных документах о размере уставного капитала. Обратились в налоговую с просьбой аннулировать данные изменения, но получили отказ. Обратились в суд, о признанием недействительной запись о внесении изменений. Пока решение не вынесено, но есть вероятность, что мы получим отказ в удовлетворении наших требований. Суд просит обосновать, какими действиями налоговая нарушила наши права. Формально налоговая все сделала правильно, получила от нас пакет необходимых документов – зарегистрировала изменения. За достоверность предоставленных сведений она не отвечает. Да и на сегодня пропущен срок обращения в суд, предусмотренный ст. 198 АПК РФ. Мы понимаем, что сами виноваты в данной ситуации, но ситуацию надо как то решать. И что можно будет предпринять, если исковые требования суд не удовлетворит? Какие наши действия? Заранее Вас благодарю.