Можно ли эту упрощенную систему применять субъектам среднего предпринимательства?

Нет. На самом деле в законе норма непрямого действия, и адресована государственным органам, а не субъекту хозяйствования.

И в соответствии с ранее действовавшим законодательством это было предусмотрено, и именно для субъектов малого предпринимательства.

Федеральный закон от 21 ноября 1996 г. N 129-ФЗ

"О бухгалтерском учете"

(с изменениями от 23 июля 1998 г., 28 марта, 31 декабря 2002 г., 10 января, 28 мая, 30 июня 2003 г., 3 ноября 2006 г., 23 ноября 2009 г.)

"Статья 5. Регулирование бухгалтерского учета

В планах счетов бухгалтерского учета, других нормативных актах и методических указаниях должна предусматриваться упрощенная система бухгалтерского учета для субъектов малого предпринимательства, а также для коллегий адвокатов и адвокатских бюро".

Типовые рекомендации

по организации бухгалтерского

учета для субъектов малого предпринимательства

(утв. приказом Минфина РФ от 21 декабря 1998 г. N 64н)

"

1. Настоящие Типовые рекомендации по организации бухгалтерского учета для субъектов малого предпринимательства (в дальнейшем - Типовые рекомендации) разработаны в соответствии с Федеральным законом "О государственной поддержке малого предпринимательства в Российской Федерации" и предназначены для всех субъектов малого предпринимательства, являющихся юридическими лицами по законодательству Российской Федерации, независимо от предмета и целей деятельности, организационно-правовых форм и форм собственности (за исключением кредитных организаций) в дальнейшем - малые предприятия.

Граждане, осуществляющие предпринимательскую деятельность без образования юридического лица, ведут учет доходов и расходов в порядке, установленном налоговым законодательством Российской Федерации.

2. Малое предприятие ведет бухгалтерский учет в соответствии с едиными методологическими основами и правилами, установленными Федеральным законом "О бухгалтерском учете", Положением о бухгалтерском учете и отчетности в Российской Федерации, положениями (стандартами) по бухгалтерскому учету, Планом счетов бухгалтерского учета финансово-хозяйственной деятельности предприятий, а также настоящими Типовыми рекомендациями".