Кто имеет право регистрировать права на недвижимость - Начальник филиала или государственный регистратор?

Не должны. Пункт 4 ст.2 ФЗ "О государственной регистрации прав на недвижимое имущество и сделок с ним", в силу которого государственная регистрация прав осуществлялась по месту нахождения недвижимого имущества, утратил силу с 01.10.2013 г. (федеральный закон от 23.07.2013 N 250-ФЗ).

В настоящее время часть 4 ст2 . Государственная регистрация прав осуществляется по месту нахождения недвижимого имущества в пределах регистрационного округа, если иное не установлено настоящим Федеральным законом утратила силу а поэтому сотрудники не обязаны передавать регдело в отдел по месту нахождения недвижимости.Этим сотрудники вправе сами произвести регистрационные действия

Федеральный закон "О государственной регистрации прав на недвижимое имущество и сделок с ним", N 122-ФЗ от 21.07.1997

Статья 2. Понятие государственной регистрации прав на недвижимое имущество и сделок с ним

[Закон о госрегистрации прав на недвижимость] [Глава I] [Статья 2]

1. Государственная регистрация прав на недвижимое имущество и сделок с ним (далее также - государственная регистрация прав) - юридический акт признания и подтверждения государством возникновения, ограничения (обременения), перехода или прекращения прав на недвижимое имущество в соответствии с Гражданским кодексом Российской Федерации.

Государственная регистрация является единственным доказательством существования зарегистрированного права. Зарегистрированное право на недвижимое имущество может быть оспорено только в судебном порядке.

2. Государственная регистрация прав проводится на всей территории Российской Федерации по установленной настоящим Федеральным законом системе записей о правах на каждый объект недвижимого имущества в Едином государственном реестре прав на недвижимое имущество и сделок с ним (далее также - Единый государственный реестр прав).

3. Датой государственной регистрации прав является день внесения соответствующих записей о правах в Единый государственный реестр прав.

4. Утратил силу.

5. Отказ в государственной регистрации прав либо уклонение соответствующего органа от государственной регистрации могут быть обжалованы заинтересованным лицом или судебным приставом-исполнителем в суд, арбитражный суд.

Да, конечно обязаны передать документы по месту нахождения недвижимости.

"Государственная регистрация прав проводится на всей территории Российской Федерации по установленной Федеральным законом от 21.07.1997 № 122-ФЗ «О государственной регистрации прав на недвижимое имущество и сделок с ним» (далее — Закон о регистрации) системе записей о правах на каждый объект недвижимого имущества в Едином государственном реестре прав на недвижимое имущество и сделок с ним (далее - ЕГРП).

Государственная регистрация прав осуществляется по месту нахождения недвижимого имущества в пределах регистрационного округа, если иное не установлено Законом о регистрации."

См. rosreestr.ru

Регистрация прав на землю не обуславливается строениями на ней.

Федеральный закон от 21.07.1997 N 122-ФЗ "О государственной регистрации прав на недвижимое имущество и сделок с ним" в ст. 20 даже разрешает регистрацию, если спор в суде уже находится.

"Наличие судебного спора о границах земельного участка не является основанием для отказа в государственной регистрации прав на него."

А в Вашем случае в суд никто не обратился.

Ни по поводу границ ЗУ, ни по поводу самостроя на ЗУ.

Возможна, но на постройку нет ст 222 ГК РФ Лицо, осуществившее самовольную постройку, не приобретает на нее право собственности. Оно не вправе распоряжаться постройкой - продавать, дарить, сдавать в аренду, совершать другие сделки.

Да,возможна. Регистратор не будет проверять наличие на земельном участке незаконных строений. Единственным исключением может служить определение суда в порядке ст.140 ГПК о применении обеспечительных мер в виде запрета осуществления регистрационных действий.

Основания для приостановления и отказа в регистрации указаны в ст.ст.19,20 Федерального закона от 21.07.1997 N 122-ФЗ (ред. от 29.12.2015) "О государственной регистрации прав на недвижимое имущество и сделок с ним"