как оплачивается льготный отпуск?

Вопрос слишком краткий, отвечаю так, как понял его. Поскольку вы говорите об отпуске "льготном", полагаю, вас интересует тот отпуск, проезд в который и обратно раз в два года должен оплачиваться работодателем.

Если это так, то прочитайте внимательно ниже,

Закон РФ от 19 февраля 1993 г. N 4520-I

"О государственных гарантиях и компенсациях для лиц, работающих и проживающих в районах Крайнего Севера и приравненных к ним местностях"Статья 33. Компенсация расходов на оплату стоимости проезда и провоза багажа к месту использования отпуска и обратно

Лица, работающие в организациях, финансируемых из федерального бюджета, расположенных в районах Крайнего Севера и приравненных к ним местностях, имеют право на оплачиваемый один раз в два года за счет средств работодателя (организации, финансируемой из федерального бюджета) проезд к месту использования отпуска в пределах территории Российской Федерации и обратно любым видом транспорта, в том числе личным (за исключением такси), а также на оплату стоимости провоза багажа весом до 30 килограммов.

Оплата стоимости проезда работника личным транспортом к месту использования отпуска и обратно производится по наименьшей стоимости проезда кратчайшим путем.

Работодатели (организации, финансируемые из федерального бюджета) также оплачивают стоимость проезда к месту использования отпуска работника и обратно и провоза багажа неработающим членам его семьи (мужу, жене, несовершеннолетним детям) независимо от времени использования отпуска.

Оплата стоимости проезда к месту использования отпуска и обратно работника организации, финансируемой из федерального бюджета, и членов его семьи производится перед отъездом работника в отпуск исходя из примерной стоимости проезда. Окончательный расчет производится по возвращении из отпуска на основании предоставленных билетов или других документов.

Выплаты, предусмотренные настоящей статьей, являются целевыми и не суммируются в случае, если работник своевременно не воспользовался своим правом на оплату стоимости проезда к месту использования отпуска и обратно и провоза багажа.

Гарантии и компенсации, предусмотренные настоящей статьей, предоставляются работнику организации, финансируемой из федерального бюджета, только по основному месту работы.

Размер, условия и порядок компенсации расходов на оплату стоимости проезда и провоза багажа к месту использования отпуска и обратно для лиц, работающих в организациях, финансируемых из бюджетов субъектов Российской Федерации, устанавливаются органами государственной власти субъектов Российской Федерации, в организациях, финансируемых из местных бюджетов, - органами местного самоуправления, в организациях, не относящихся к бюджетной сфере, - работодателем.";