Может ли ООО выкупить нежилое помещение у администрации, если помещение находится в здании администрации.

Судя по тексту вопроса, нет. Само по себе нахождения помещения в здании Администрации этому не препятствует, закон таких ограничений не устанавливает.

Но условие о двух годах до вступления в силу закона, похоже, не соблюдено. И неизвестно, соблюдены ли иные условия.

Федеральный закон от 22 июля 2008 г. N 159-ФЗ

"Об особенностях отчуждения недвижимого имущества, находящегося в государственной собственности субъектов Российской Федерации или в муниципальной собственности и арендуемого субъектами малого и среднего предпринимательства, и о внесении изменений в отдельные законодательные акты Российской Федерации"

(с изменениями от 17 июля 2009 г.)

"Статья 3. Преимущественное право на приобретение арендуемого имущества

Субъекты малого и среднего предпринимательства, за исключением субъектов малого и среднего предпринимательства, указанных в части 3 статьи 14 Федерального закона "О развитии малого и среднего предпринимательства в Российской Федерации", и субъектов малого и среднего предпринимательства, осуществляющих добычу и переработку полезных ископаемых (кроме общераспространенных полезных ископаемых), при возмездном отчуждении арендуемого имущества из государственной собственности субъекта Российской Федерации или муниципальной собственности пользуются преимущественным правом на приобретение такого имущества по цене, равной его рыночной стоимости и определенной независимым оценщиком в порядке, установленном Федеральным законом от 29 июля 1998 года N 135-ФЗ "Об оценочной деятельности в Российской Федерации" (далее - Федеральный закон "Об оценочной деятельности в Российской Федерации". При этом такое преимущественное право может быть реализовано при условии, что:

1) арендуемое имущество находится в их временном владении и (или) временном пользовании непрерывно в течение двух и более лет до дня вступления в силу настоящего Федерального закона в соответствии с договором или договорами аренды такого имущества;

2) отсутствует задолженность по арендной плате за такое имущество, неустойкам (штрафам, пеням) на день заключения договора купли-продажи арендуемого имущества в соответствии с частью 4 статьи 4 настоящего Федерального закона, а в случае, предусмотренном частью 2 статьи 9 настоящего Федерального закона, - на день подачи субъектом малого или среднего предпринимательства заявления о реализации преимущественного права на приобретение арендуемого имущества;

3) площадь арендуемых помещений не превышает установленные законами субъектов Российской Федерации предельные значения площади арендуемого имущества в отношении недвижимого имущества, находящегося в собственности субъекта Российской Федерации или муниципальной собственности;

4) арендуемое имущество не включено в утвержденный в соответствии с частью 4 статьи 18 Федерального закона "О развитии малого и среднего предпринимательства в Российской Федерации" перечень государственного имущества или муниципального имущества, предназначенного для передачи во владение и (или) в пользование субъектам малого и среднего предпринимательства".