Если я еду в маршрутке на переднем сидение и говорю по телефону, имеет ли право водитель делать мне замечание в повышенном тоне?

В повышенном тоне нет, а в целом водитель прав, он требует от вас прекращения нарушения правил дорожного движения, п. 5.2 которых устанавливает:

5.2. Пассажирам запрещается:

отвлекать водителя от управления транспортным средством во время его движения;