Можно ли оформить договор купли-продажи доли комнат в простой письменной форме или только у нотариуса, если один из сособственников не имеет средств на выкуп?

Можно в простой письменной форме, т.к. у вас также имеется преимущественное право приобретения доли (т.к. квартира коммунальная, ст.250 ГК и ст.42 ЖК РФ).

Поскольку в коммунальной квартире есть общая долевая собственность на общие помещения, то по аналогии должна применяться и нотариальная форма сделки при продаже третьим лицам

Только у нотариуса.