Можно ли вернуть деньги Минздраву частями и как обжаловать требование?

Есть ли какая-то возможность без начисления пени возарощать данную сумму частями?

Только в случае подписания с региональным минздравом дополнительного соглашения к договору, устанавливающего график возврата денежных средств.

В законе говорилось, что помимо миллиона молодых специалистов должны обеспечить жильем или участком под строительство или льготным кредитом на покупку жилья.

Откуда Вы это берете? В законе нет таких преференций.

Федеральный закон от 29.11.2010 N 326-ФЗ "Об обязательном медицинском страховании в Российской Федерации":

В 2012 году осуществляются единовременные компенсационные выплаты медицинским работникам в возрасте до 35 лет, прибывшим в 2011 - 2012 годах после окончания образовательного учреждения высшего профессионального образования на работу в сельский населенный пункт или переехавшим на работу в сельский населенный пункт из другого населенного пункта и заключившим с уполномоченным органом исполнительной власти субъекта Российской Федерации договор, предусмотренный пунктом 3 части 12.2 настоящей статьи (далее - договор). В целях осуществления единовременных компенсационных выплат в 2012 году из бюджета Федерального фонда бюджетам территориальных фондов предоставляются иные межбюджетные трансферты из расчета один миллион рублей на одного указанного медицинского работника. В 2013 - 2014 годах осуществляются единовременные компенсационные выплаты медицинским работникам в возрасте до 35 лет, прибывшим в 2013 - 2014 годах после окончания образовательного учреждения высшего профессионального образования на работу в сельский населенный пункт либо рабочий поселок или переехавшим на работу в сельский населенный пункт либо рабочий поселок из другого населенного пункта и заключившим с уполномоченным органом исполнительной власти субъекта Российской Федерации договор, в размере одного миллиона рублей на одного указанного медицинского работника. Финансовое обеспечение единовременных компенсационных выплат медицинским работникам в 2013 - 2014 годах осуществляется в равных долях за счет иных межбюджетных трансфертов, предоставляемых бюджету территориального фонда из бюджета Федерального фонда в соответствии с федеральным законом о бюджете Федерального фонда на очередной финансовый год и на плановый период, и средств бюджетов субъектов Российской Федерации. В 2015 году осуществляются единовременные компенсационные выплаты медицинским работникам в возрасте до 45 лет, имеющим высшее образование, прибывшим в 2015 году на работу в сельский населенный пункт либо рабочий поселок или переехавшим на работу в сельский населенный пункт либо рабочий поселок из другого населенного пункта и заключившим с уполномоченным органом исполнительной власти субъекта Российской Федерации договор, в размере одного миллиона рублей на одного указанного медицинского работника. Финансовое обеспечение единовременных компенсационных выплат медицинским работникам в 2015 году осуществляется за счет иных межбюджетных трансфертов, предоставляемых бюджету территориального фонда из бюджета Федерального фонда в соответствии с федеральным законом о бюджете Федерального фонда на очередной финансовый год и на плановый период, и средств бюджетов субъектов Российской Федерации в равных долях.