Проблема гражданства ребенка - права сотрудников ФМС и ситуация с отцовством

Помогите пожалуйста понять, правы ли сотрудники ФМС? У меня родился ребенок в 2013 году на территории Украины и я его сразу же зарегистрировала в российском консульстве в Харькове как гражданку РФ. Мне выдали российское свидетельство о рождении, где в графе отец был поставлен прочерк. Мы уехали в течении года в Россию и на Украину больше не возвращались. В конце 2014 году к нам приехал отец ребенка-гражданин Украины с целью получения российского гражданства, процесс этого растянулся на годы, и так как мы решили жить вместе и заодно помочь ему с получением гражданства, то в 2015 году провели процедуру установления отцовства для ребенка, но свои отношения никак не регистрировали. В новом свидетельстве о рождении, на котором написано Повторное и вписан отец, ничего не написано про гражданство ребенка. Я не обратила на это внимание, и только через год пошла проставить штамп о гражданстве - и вот тут мне заявляют в ФМС, что мой ребенок якобы утратил гражданство после процедуры установления отцовства и теперь мне его надо получать заново. Может ли это быть правдой, учитывая, что ребенок и вписан в мой паспорт, и прописан в Москве вместе со мной, и у нее есть полис ОМС для гражданина РФ и вообще, как меня, мать, могли не поставить в известность о том, что мой ребенок уже не гражданин РФ? только потому что приобрел отца?