Ему сотрудник ответил, что есть принудительное исполнение судебного решения, а есть добровольное...

Не совсем понятно, почему по решению, вынесенному в пользу Истца, истцом подана жалоба? Этот момент как-то не укладывается в голове. Или Истец не требовал перевести акции, просил что-то еще? Ну в любом случае, поскольку решение не вступило в законную силу, исполнять его добровольно Регистратор не имел право. Он ведь не ответчик, а третье лицо. Согласно п. 7.3.3 "Положения о ведении реестра владельцев именных ценных бумаг", утвержденного Постановлением ФКЦБ РФ от 02.10.1997 N 27, документы, необходимые для внесения в реестр записи о переходе прав собственности на ценные бумаги по решению суда:

копия решения суда, вступившего в законную силу, заверенная судом, и исполнительный лист (передается регистратору); сертификаты ценных бумаг, принадлежащие прежнему владельцу, при документарной форме выпуска (передаются регистратору).

Таким образом, Регистратор нарушил Положение о ведении реестра, За такую "операцию" он вполне может лишиться лицензии. Конечно, через суд вы можете обязать его восстановить ваши права, но пока решение по иску к Регистратору вступит в законную силу, возможно будет отменено заочное решение по акциям или оно вступит в силу, и исполнение будет неактуально. Что касается исправления технической ошибки. Это фактически вопрос "взлома" программы.