Главный бухгалтер будет нести ответственность за оплату штрафов ИФНС?

По поводу недействительности договора - только в части несоответствующего законодательству пункта. В остальном договор действителен.

Уточню: речь идёт о штрафах, наложенных именно на юр. лицо, а не на его должностное лицо.

Вот нашёл минутку, но не нашёл своей старой заметки на эту тему, потому беру из "Консультанта":

1. Статья 238 ТК РФ не предусматривает обязанности работника возмещать работодателю уплаченные им суммы штрафа за нарушение действующего законодательства.

Так, Апелляционным определением Московского городского суда от 24.07.2013 N 11-23629/2013 установлено, что Л. исполняла обязанности председателя ЖСК "С" на условиях заключенного с нею трудового договора, в котором было предусмотрено условие о полной материальной ответственности за прямой действительный ущерб, причиненный работодателю. Суд нижестоящей инстанции правомерно пришел к выводу об отсутствии достаточных оснований для возложения на ответчика полной материальной ответственности в связи с тем, что на ее работодателя были наложены штрафные санкции. Таким образом, данное в ч. 2 ст. 238 ТК РФ понятие прямого действительного ущерба не является идентичным с понятием убытков, содержащимся в п. 2 ст. 15 Гражданского кодекса РФ, и не предусматривает обязанности работника возмещать работодателю уплаченные им суммы штрафа за нарушение действующего законодательства. На основании изложенного решение суда нижестоящей инстанции оставлено без изменения, а апелляционная жалоба без удовлетворения.

Данное решение обосновано тем, что сумма финансовых санкций в виде административного штрафа в соответствии с действующим законодательством не может быть отнесена к прямому реальному ущербу, который обязан возместить работник работодателю, поскольку данная сумма уплаченных финансовых санкций не относится к категории наличного имущества истца (работодателя). Работодатель, принимая работника, принимает на себя ответственность перед третьими лицами за соблюдение ими всех норм и правил, должен обеспечить надлежащий контроль за его работой. В противном случае работодатель перекладывает административную ответственность с юридического лица на работника, так как к административной ответственности привлекается юридическое лицо, а не работник. Указанные обстоятельства исключают вину работника.

Статья: Попытки и практика взыскания материального ущерба с работника (Царьков А.) ("Трудовое право", 2015, N 11)