Должны ли Министерства и ведомства РФ официально публиковать свои документы?

Нормативные - да.

Правила

подготовки нормативных правовых актов федеральных органов исполнительной власти и их государственной регистрации

(утв. постановлением Правительства РФ от 13 августа 1997 г. N 1009)

(с изменениями от 11 декабря 1997 г., 6 ноября 1998 г., 11 февраля 1999 г., 30 сентября 2002 г.)

" 17. В течение суток после государственной регистрации подлинник нормативного правового акта с присвоенным ему регистрационным номером направляется Министерством юстиции Российской Федерации в федеральный орган исполнительной власти, представивший акт на государственную регистрацию.

Нормативные правовые акты, затрагивающие права, свободы и обязанности человека и гражданина, устанавливающие правовой статус организаций или имеющие межведомственный характер, подлежат официальному опубликованию в установленном порядке, кроме актов или отдельных их положений, содержащих сведения, составляющие государственную тайну, или сведения конфиденциального характера.

Копии актов, подлежащих официальному опубликованию, в течение дня после государственной регистрации направляются Министерством юстиции Российской Федерации в "Российскую газету", в Бюллетень нормативных актов федеральных органов исполнительной власти издательства "Юридическая литература" Администрации Президента Российской Федерации, в научно-технический центр правовой информации "Система" и в Институт законодательства и сравнительного правоведения при Правительстве Российской Федерации.

При опубликовании и рассылке нормативного правового акта указание на номер и дату государственной регистрации является обязательным.

Акт, признанный Министерством юстиции Российской Федерации не нуждающимся в государственной регистрации, подлежит опубликованию в порядке, определяемом федеральным органом исполнительной власти, утвердившим акт. При этом порядок вступления данного акта в силу также определяется федеральным органом исполнительной власти, издавшим акт".