Как правильно сканировать и подавать документы через систему Мой арбитр?

Ничего не нужно заверять. Достаточно отсканировать копии, у Вас их примут. Если возникнут сомнения у суда, то попросят предоставить оригиналы уже после возбуждения дела. Порядок подачи у Вас будет соблюден (ст. 126 АПК РФ)

Здравствуйте, Игорь!

При подаче документов через "Мой арбитр" нет необходимости заверять документы для суда. Достаточно приложить необходимые сканкопии документов к иску, документы, подтверждающие направление искового заявления сторонам и копию квитанции (платёжное поручение) об оплате госпошлины.

"Арбитражный процессуальный кодекс Российской Федерации" от 24.07.2002 N 95-ФЗ (ред. от 23.06.2016) (с изм. и доп., вступ. В силу с 01.09.2016)

Статья 126. Документы, прилагаемые к исковому заявлению

1. К исковому заявлению прилагаются:

1) уведомление о вручении или иные документы, подтверждающие направление другим лицам, участвующим в деле, копий искового заявления и приложенных к нему документов, которые у других лиц, участвующих в деле, отсутствуют;

2) документ, подтверждающий уплату государственной пошлины в установленных порядке и в размере или право на получение льготы по уплате государственной пошлины, либо ходатайство о предоставлении отсрочки, рассрочки, об уменьшении размера государственной пошлины;

3) документы, подтверждающие обстоятельства, на которых истец основывает свои требования;

4) копии свидетельства о государственной регистрации в качестве юридического лица или индивидуального предпринимателя;

5) доверенность или иные документы, подтверждающие полномочия на подписание искового заявления;

6) копии определения арбитражного суда об обеспечении имущественных интересов до предъявления иска;

7) документы, подтверждающие соблюдение истцом претензионного или иного досудебного порядка, за исключением случаев, если его соблюдение не предусмотрено федеральным законом;

8) проект договора, если заявлено требование о понуждении заключить договор;

9) выписка из единого государственного реестра юридических лиц или единого государственного реестра индивидуальных предпринимателей с указанием сведений о месте нахождения или месте жительства истца и ответчика и (или) приобретении физическим лицом статуса индивидуального предпринимателя либо прекращении физическим лицом деятельности в качестве индивидуального предпринимателя или иной документ, подтверждающий указанные сведения или отсутствие таковых. Такие документы должны быть получены не ранее чем за тридцать дней до дня обращения истца в арбитражный суд.

2. Документы, прилагаемые к исковому заявлению, могут быть представлены в арбитражный суд в электронном виде.

Удачи Вам!