Возможно ли получить выплату с материнского капитала, если подача документов на сертификат производится после 30 сентября?

Если само право возникло до 30 сентября - да.

Федеральный закон от 23 июня 2016 г. N 181-ФЗ "О единовременной выплате за счет средств материнского (семейного) капитала в 2016 году"

Статья 1

1. Лица, получившие в соответствии с Федеральным законом от 29 декабря 2006 года N 256-ФЗ "О дополнительных мерах государственной поддержки семей, имеющих детей" (далее - Федеральный закон "О дополнительных мерах государственной поддержки семей, имеющих детей") государственный сертификат на материнский (семейный) капитал и проживающие на территории Российской Федерации (за исключением лиц, указанных в части 2 настоящей статьи), имеют право на единовременную выплату за счет средств материнского (семейного) капитала (далее - единовременная выплата) в размере 25 000 рублей в случае, если право на дополнительные меры государственной поддержки в соответствии с Федеральным законом "О дополнительных мерах государственной поддержки семей, имеющих детей" возникло (возникает) по 30 сентября 2016 года включительно независимо от срока, истекшего со дня рождения (усыновления) второго, третьего ребенка или последующих детей.

4. Заявление о предоставлении единовременной выплаты подается в территориальный орган Пенсионного фонда Российской Федерации непосредственно либо через многофункциональный центр предоставления государственных и муниципальных услуг не позднее 30 ноября 2016 года.