Как правильно оформить соглашение об уплате алиментов у нотариуса, учитывая размер заработной платы мужа и размер МРОТ в Московской области?

Добрый день. С 01.07.2016 года 1 МРОТ составляет для всей страны 7 500 рублей. Размер алиментов можете указать в МРОТ, можете указать в твердой денежной сумме.

Согласно требованиям ст. 103-104 СК РФ, размер алиментов, уплачиваемых по соглашению об уплате алиментов, определяется сторонами в этом соглашении. Размер алиментов, устанавливаемый по соглашению об уплате алиментов на несовершеннолетних детей, не может быть ниже размера алиментов, которые они могли бы получить при взыскании алиментов в судебном порядке (статья 81 настоящего Кодекса). Алименты могут уплачиваться в долях к заработку и (или) иному доходу лица, обязанного уплачивать алименты; в твердой денежной сумме, уплачиваемой периодически; в твердой денежной сумме, уплачиваемой единовременно; путем предоставления имущества, а также иными способами, относительно которых достигнуто соглашение.

В соглашении об уплате алиментов может быть предусмотрено сочетание различных способов уплаты алиментов. Таким образом, размер алиментов должен быть на 1 ребенка не менее - 21 500 рублей; на 2 - 43 000 рублей; на 3 - 64 500 рублей.

то в соглашении я пишу размер выплат в зависимости от МРОТ, правильно?

Нет, неправильно. Во-первых, Соглашение пишите не Вы, а нотариус. А нотариус знает Закон и знает, что МРОТ не имеет ни малейшего отношения к алиментам и их индексации...