Сын проживает с ней в США и учится там же.Бывшая жена категорически возражает против того чтобы сын получил российский паспорт.

Вообще-то общегражданские паспорта граждане России получают не в 16 лет, как это было в СССР, а в 14. Но в случае с Вашим сыном в этом нет необходимости.

Российский закон вообще не предусматривает лишения российского гражданства ни по каким основаниям, возможен лишь выход из российского гражданства по желанию самого гражданина. Что касается получения российского паспорта, то Ваш сын, вероятно, уже получил российский загранпаспорт в одном из консульских учреждений России в США. Если по каким-то причинам он этого не сделал, то ему следует обратиться в консульский отдел российского посольства или в соответствующее генконсульство России по месту его проживания. По получении этого паспорта рекомендую сыну встать на консульский учет в качестве российского гражданина, постоянно проживающего за границей, о чем будет сделана отметка в его паспорте. Эта процедура никак не умаляет его американского гражданства, зато позволит при необходимости въезжать по этому документу на территорию России и выезжать по нему. Более того, именно загранпаспорт удостоверяет и на территоррии России личность российского гражданина, проживающего за границей. Получение же общегражданского паспорта для Вашего сына в таком случае необязательно, но при желании он сможет получить его при посещении России. Кроме того, в настоящее время правительством обсуждается вопрос о замене общегражданских ("внутренних" паспортов на принятые в мире удостоверения личности гражданина, поэтому не исключено, что к первому приезду сына в Россию уже будут совсем другие документы.