Аннулировали авто за снятые сиденья - что делать, если находишься в другом регионе?

Обращаться в суд.

Ст. 218 КАС РФ позволяет.

Гражданин, организация, иные лица могут обратиться в суд с требованиями об оспаривании решений, действий (бездействия) органа государственной власти, органа местного самоуправления, иного органа, организации, наделенных отдельными государственными или иными публичными полномочиями (включая решения, действия (бездействие) квалификационной коллегии судей, экзаменационной комиссии), должностного лица, государственного или муниципального служащего (далее - орган, организация, лицо, наделенные государственными или иными публичными полномочиями), если полагают, что нарушены или оспорены их права, свободы и законные интересы, созданы препятствия к осуществлению их прав, свобод и реализации законных интересов или на них незаконно возложены какие-либо обязанности. Гражданин, организация, иные лица могут обратиться непосредственно в суд или оспорить решения, действия (бездействие) органа, организации, лица, наделенных государственными или иными публичными полномочиями, в вышестоящие в порядке подчиненности орган, организацию, у вышестоящего в порядке подчиненности лица либо использовать иные внесудебные процедуры урегулирования споров.

Документы на регистрацию авто принимаются в любом МОРАС ГИБДД.

Не совсем понятно, что значит аннулировали авто, нет такого понятия. Если наложили ограничения, значит нужно самостоятельно с документами на ТС обращаться в ГИБДД, тут доверенность не поможет.

Изучите Приказ МВД России от 24.11.2008 N 1001