С какого числа начисляются пени за просрочку по получению ключей в договоре?

Екатерина, в данном случае применяется ч. 1 статьи 6 ФЗ № 214 Статья

6. Срок передачи застройщиком объекта долевого строительства участнику долевого строительства 1. Застройщик обязан передать участнику долевого строительства объект долевого строительства не позднее срока, который предусмотрен договором и должен быть единым для участников долевого строительства, которым застройщик обязан передать объекты долевого строительства, входящие в состав многоквартирного дома и (или) иного объекта недвижимости или в состав блок-секции многоквартирного дома, имеющей отдельный подъезд с выходом на территорию общего пользования, за исключением случая, установленного частью 3 настоящей статьи.

Простыми словами.. Срок неустойки начинает течь со дня, следующего за днем ввода в эксплуатацию дома в соответствии с ДДУ,

Но чтобы вам помочь с неустойкой, необходимо смотреть ДДУ, он у вас на руках?

С 31.12.2015 г. плюс 90 рабочих дней или с 31.12.15 г плюс 6 месяцев (на которые они перенесли срок, но я не подписывала) плюс 90 рабочих дней?

С 31.12.2015 г. плюс 90 рабочих дней.

Раз договором предусмотренна возможность переноса застройщиком срока сдачи дома на шесть месяцев, значит срок начинает течь после того как застойщик воспоьзовался этим правом.

Плохо то, что вы получили по почте дополнительное соглашение в договору, но не оформили протокол разногласий к нему, исходя из этого, по принципу "молчаливого согласия" , а если еще доп. соглашения было подписаны другими дольщиками, то срок считается с 31.12.15 г. плюс 6 месяцев плюс 90 рабочих дней. Успешно решить Ваш вопрос можно только с юридической помощью. Всегда рад Вам помочь!