Как получить подтверждение от ФНС о том, что я не являюсь и не являлся индивидуальным предпринимателем

Зависит от того какой именно у вас спор...

Статья 23. Предпринимательская деятельность гражданина

[Гражданский кодекс РФ] [Глава 3] [Статья 23]

1. Гражданин вправе заниматься предпринимательской деятельностью без образования юридического лица с момента государственной регистрации в качестве индивидуального предпринимателя.

2. Утратил силу.

3. К предпринимательской деятельности граждан, осуществляемой без образования юридического лица, соответственно применяются правила настоящего Кодекса, которые регулируют деятельность юридических лиц, являющихся коммерческими организациями, если иное не вытекает из закона, иных правовых актов или существа правоотношения.

4. Гражданин, осуществляющий предпринимательскую деятельность без образования юридического лица с нарушением требований пункта 1 настоящей статьи, не вправе ссылаться в отношении заключенных им при этом сделок на то, что он не является предпринимателем. Суд может применить к таким сделкам правила настоящего Кодекса об обязательствах, связанных с осуществлением предпринимательской деятельности.

5. Граждане вправе заниматься производственной или иной хозяйственной деятельностью в области сельского хозяйства без образования юридического лица на основе соглашения о создании крестьянского (фермерского) хозяйства, заключенного в соответствии с законом о крестьянском (фермерском) хозяйстве.

Главой крестьянского (фермерского) хозяйства может быть гражданин, зарегистрированный в качестве индивидуального предпринимателя.

В ФНС дают справку о том что на сегодняшний день не являюсь ИП.

Истец это должен доказывать, а не вы. для более полного и точного ответа опишите суть проблемы, что за дело в суде, о чём.