ИП заключил договор с фарм компанией на перевозку медикаментов, нужна ли мне на это лицензия?

Думаю, что да.

Согласно пункту 3 статьи 2 Федерального закона от 04.05.2011 N 99 "О лицензировании отдельных видов деятельности" к лицензируемым видам деятельности относятся виды деятельности, осуществление которых может повлечь за собой нанесение указанного в части 1 настоящей статьи ущерба и регулирование которых не может осуществляться иными методами, кроме как лицензированием.

В силу подпункта 47 пункта 1 статьи 12 названного Закона фармацевтическая деятельность подлежит обязательному лицензированию.

Порядок лицензирования фармацевтической деятельности, осуществляемой юридическими лицами, включая организации оптовой торговли лекарственными средствами, аптечные организации, ветеринарные аптечные организации, а также медицинские организации и их обособленные подразделения (центры (отделения) общей врачебной (семейной) практики, амбулатории, фельдшерские и фельдшерско-акушерские пункты), расположенные в сельских населенных пунктах, в которых отсутствуют аптечные организации (далее соответственно - медицинские организации, обособленные подразделения медицинских организаций), ветеринарные организации, и индивидуальными предпринимателями установлен Положением о лицензировании фармацевтической деятельности, утвержденным Постановлением Правительства РФ от 22.12.2011 N 1081.

Пунктом 2 данного Положения установлено, что фармацевтическая деятельность включает в себя работы и услуги согласно приложению.

В соответствии с разделом 2 данного Приложения хранение и перевозка лекарственных средств и лекарственных препаратов для ветеринарного применения включается в перечень работ, услуг, составляющих фармацевтическую деятельность. Аналогично и в сфере обращения лекарственных средств для медицинского применения.