Служил на корабле в морских частях пограничных войск СССР входит ли эти годы в льготный трудовой стаж?

Да входят, вот выдержка из Постановления Правительства РФ:

"В выслугу лет для назначения пенсий уволенным со службы военнослужащим, лицам рядового и начальствующего состава органов внутренних дел, федеральной противопожарной службы Государственной противопожарной службы, учреждений и органов уголовно-исполнительной системы засчитывать на льготных условиях:

г) один месяц службы за полтора месяца:

на заставах, постах, в комендатурах, маневренных группах со сменными заставами, на кораблях и катерах, несущих службу по охране государственной границы, и в других подразделениях Федеральной пограничной службы и органов пограничной службы Российской Федерации по перечню, утверждаемому Директором Федеральной службы безопасности Российской Федерации, - с 1 января 1976 г., а до указанной даты - на заставах, в комендатурах и приравненных к ним подразделениях Федеральной пограничной службы и органов пограничной службы Российской Федерации, находившихся на государственной границе бывшего Союза ССР, на морских пограничных кораблях и катерах, находившихся в строю и непосредственно несших охрану государственной границы в местностях согласно Приложению N 3, если не установлены более льготные условия зачета службы в этих местностях при исчислении выслуги лет для назначения пенсии.