Кому записывать в ответчики при подаче иска о разрешении эксгумации останков?

Однозначно - суд общей юрисдикции. Только не понятно, зачем Вам иск? Когда это всё делается значительно проще.

Для получения справки - разрешения на эксгумацию тела необходимо представить заявление (пишется на месте), паспорт заявителя, свидетельство о смерти, справку о смерти (или медицинское свидетельство) с указанием причины смерти, постановление об эксгумации (выдается органами внутренних дел или прокуратурой). Обращаться в Роспотребнадзор Не рекомендуется производить перезахоронение ранее 1 года с момента погребения.

Статья 178 УПК РФ Осмотр трупа. Эксгумация

1. Следователь производит осмотр трупа с участием понятых, судебно-медицинского эксперта, а при невозможности его участия - врача. При необходимости для осмотра трупа могут привлекаться другие специалисты.

2. Неопознанные трупы подлежат обязательному фотографированию и дактилоскопированию. Кремирование неопознанных трупов не допускается.

3. При необходимости извлечения трупа из места захоронения следователь выносит постановление об эксгумации и уведомляет об этом близких родственников или родственников покойного. Постановление обязательно для администрации соответствующего места захоронения. В случае, если близкие родственники или родственники покойного возражают против эксгумации, разрешение на ее проведение выдается судом.

4. Эксгумация и осмотр трупа производятся с участием лиц, указанных в части первой настоящей статьи.

5. Расходы, связанные с эксгумацией и последующим захоронением трупа, возмещаются родственникам покойного в порядке, установленном статьей 131 настоящего Кодекса.