Возникла проблема с оплатой рабочего дня после посещения следственного комитета - работодатель должен был оплатить его или стоит избегать подобных ситуаций?

То что вам сказали на работе - с работой и разбирайтесь. Оплатить должны. А не пойдете в комитет в следующий раз вас притащат туда. Выбирайте где лучше.

Добрый день! Данный должен оплачивать не работодатель.

Сохранять за работником средний заработок работодатель не должен, поскольку денежную компенсацию за время исполнения государственных или общественных обязанностей выплачивает государственный орган или общественное объединение (ч. 2 ст. 170 ТК РФ).

К числу таких обязанностей, в частности, относится явка работника в рабочее время в орган дознания, к следователю, прокурору или в суд в качестве свидетеля, потерпевшего, их законного представителя или понятого (ч. 4 ст. 60, ст. 188 УПК РФ, ст. 113 ГПК РФ). В этом случае выплата денежной компенсации производится за счет средств федерального бюджета или средств участников судопроизводства (ч. 1, п. 2 ч. 2 ст. 131 УПК РФ, ч. 2 ст. 95, ч. 1, 2 ст. 96 ГПК РФ). Порядок осуществления таких выплат установлен Положением о возмещении процессуальных издержек, связанных с производством по уголовному делу, издержек в связи с рассмотрением гражданского дела, а также расходов в связи с выполнением требований Конституционного Суда Российской Федерации (утв. Постановлением Правительства РФ от 01.12.2012 N 1240).