Как правильно расторгнуть трудовой договор при нахождении в декрете?

Договор в вашем случае расторгается в день выхода основного работника. Статья 79 ТК РФ.

Согласно части 3 ст. 261 ТК РФ Допускается увольнение женщины в связи с истечением срока трудового договора в период ее беременности, если трудовой договор был заключен на время исполнения обязанностей отсутствующего работника и невозможно с письменного согласия женщины перевести ее до окончания беременности на другую имеющуюся у работодателя работу (как вакантную должность или работу, соответствующую квалификации женщины, так и вакантную нижестоящую должность или нижеоплачиваемую работу), которую женщина может выполнять с учетом ее состояния здоровья. При этом работодатель обязан предлагать ей все отвечающие указанным требованиям вакансии, имеющиеся у него в данной местности. Предлагать вакансии в других местностях работодатель обязан, если это предусмотрено коллективным договором, соглашениями, трудовым договором.

Если вам не предлагались другие вакансии или вы не давали письменного согласия на временный перевод на другие должности с целью продления договора до окончания отпуска по беременности и родам, то договор должен был быть расторгнут в день выхода основного работника. Если ваш договор не расторгли по окончании отпуска по беременности и родам, а даже предоставили отпуск по уходу за ребёнком, то ваш договор стал бессрочным в силу части 4 Ст. 58 ТК РФ. Теперь увольнять вас в связи с окончанием срока договора работодатель не имеет права, поскольку условие о сроке потеряло силу. Теперь вы постоянный работник и увольнение должно быть произведено только на общих основаниях. Как эту ситуацию будет разруливать работодатель, когда вы выйдете на работу после отпуска и будете требовать совершенно законно предоставления вам работы, это его проблемы. Пусть вводить ещё одну штатную единицу.