Недоимок у меня нет, но мне всё равно начислили штраф в размере 5% от суммы, которую я уже уплатил.

Штраф за несвоевременное предоставление отчетности предусмотрено законодательством. Тем же законодательством прописаны суммы штрафов. Никакой суд не поможет.

Если в налоговую до 1 апреля не подадите даже нулевую декларацию, тоже ведь насчитают. Или о численности работников на 01.01.2011 года сдали, даже если у Вас нет работников? Если нет, ожидайте привет от налоговой. Вот это точно мало кто знал, в отличии от ежегодной отчетности в ПФ.

Быть ИП и чего-то не знать нельзя. Не 90-е годы на дворе.