ООО не имеет средств для уплаты налога НДС - какие последствия для компании и директора? Что делать в данной ситуации?

Защититься возможно только оплатив налог. Данный вид преступления имеет формальный состав.

Статья 199.2. Сокрытие денежных средств либо имущества организации или индивидуального предпринимателя, за счет которых должно производиться взыскание налогов и (или) сборов

(введена Федеральным законом от 08.12.2003 N 162-ФЗ)

Сокрытие денежных средств либо имущества организации или индивидуального предпринимателя, за счет которых в порядке, предусмотренном законодательством Российской Федерации о налогах и сборах, должно быть произведено взыскание недоимки по налогам и (или) сборам, совершенное собственником или руководителем организации либо иным лицом, выполняющим управленческие функции в этой организации, или индивидуальным предпринимателем в крупном размере, -

наказывается штрафом в размере от двухсот тысяч до пятисот тысяч рублей или в размере заработной платы или иного дохода осужденного за период от восемнадцати месяцев до трех лет, либо принудительными работами на срок до пяти лет с лишением права занимать определенные должности или заниматься определенной деятельностью на срок до трех лет или без такового, либо лишением свободы на срок до пяти лет с лишением права занимать определенные должности или заниматься определенной деятельностью на срок до трех лет или без такового.

(в ред. Федерального закона от 07.12.2011 N 420-ФЗ)

Если оплатите то преследования никакого не будет.

Если не оплатите то ФНС может обратится в полицию и тогда полиция проведет проверку..

Налог Вы должны погасить полностью, если не хотите проблем в дальнейшем.

И еще момент--ООО лучше не сливать-не переписывать?

Это не имеет никакого значения. Ответственность в данном случае несет руководитель.