Как действовать при оформлении доверенности на судебное разбирательство, если представитель подал несоответствующий иск и истец хочет заново подать иск от себя?

Не представителю надо это говорить, а суду. Заявить ходатайство письменное, в котором все это и изложить. И просить прекратить производство по делу.

"Гражданский процессуальный кодекс Российской Федерации" от 14.11.2002 N 138-ФЗ (ред. от 19.12.2016) (с изм. и доп., вступ. В силу с 01.01.2017)

Статья 222. Основания для оставления заявления без рассмотрения

Суд оставляет заявление без рассмотрения в случае, если:

истцом не соблюден установленный федеральным законом для данной категории дел или предусмотренный договором сторон досудебный порядок урегулирования спора;

заявление подано недееспособным лицом, за исключением заявления этого лица о признании его дееспособным, ходатайства о восстановлении пропущенных процессуальных сроков по делу о признании этого лица недееспособным;

(в ред. Федерального закона от 06.04.2011 N 67-ФЗ)

(см. текст в предыдущей редакции)

заявление подписано или подано лицом, не имеющим полномочий на его подписание или предъявление иска;

в производстве этого или другого суда, арбитражного суда имеется возбужденное ранее дело по спору между теми же сторонами, о том же предмете и по тем же основаниям;

имеется соглашение сторон о рассмотрении указанного спора третейским судом при условии, что любая из сторон не позднее дня представления своего первого заявления по существу спора в суде первой инстанции заявит по этому основанию возражение в отношении рассмотрения дела в суде, а также если стороны заключили соглашение о передаче спора на разрешение третейского суда во время судебного разбирательства до принятия судебного акта, которым заканчивается рассмотрение дела по существу, при условии, что любая из сторон заявит по этому основанию возражение в отношении рассмотрения дела в суде. Это основание для оставления заявления без рассмотрения не применяется, если суд установит, что соглашение сторон о рассмотрении указанного спора третейским судом недействительно, утратило силу или не может быть исполнено;

(в ред. Федерального закона от 29.12.2015 N 409-ФЗ)

(см. текст в предыдущей редакции)

стороны, не просившие о разбирательстве дела в их отсутствие, не явились в суд по вторичному вызову;

истец, не просивший о разбирательстве дела в его отсутствие, не явился в суд по вторичному вызову, а ответчик не требует рассмотрения дела по существу.

Представителю не нужно являться в суд два раза без уважительной причины и исковое заявление будет оставлено без движения. После этого исковое заявление будет оставлено без движения и истец может подать иск от своего имени.