Если закончил университет в Крыму, можно ли получить паспорт РФ?

Законченное профессиональное образование не является основанием для получения российского гражданства и соответственно выдачи паспорта гражданина РФ.

Однако через три года работы в РФ по полученной специальности и имея вид на жительство Вы сможете претендовать на получение российского гражданства.

ФЗ от 31.05.2002 N 62-ФЗ (ред. от 01.05.2016) "О гражданстве РФ":

Статья 14. Прием в гражданство Российской Федерации в упрощенном порядке

2. Иностранные граждане и лица без гражданства, проживающие на территории Российской Федерации, вправе обратиться с заявлениями о приеме в гражданство Российской Федерации в упрощенном порядке в случае, если:

е) получили после 1 июля 2002 года профессиональное образование по основным профессиональным образовательным программам, имеющим государственную аккредитацию, в образовательных или научных организациях Российской Федерации на ее территории и осуществляют трудовую деятельность в Российской Федерации в совокупности не менее трех лет до дня обращения с заявлением о приеме в гражданство Российской Федерации. При этом в указанный период в отношении таких иностранных граждан и лиц без гражданства работодателем должны быть начислены страховые взносы в Пенсионный фонд Российской Федерации.