Как правильно выплатить оставшуюся сумму за остекление балкона с учетом пеней

Заключила договор с ИП на остекленение балкона. В договоре указано, что работу выполнят 4 июля, при нарушении срока выполнения выплачивается пени в размере 0,5 % в день от суммы предоплаты. У меня вопрос; после выполнения работы оставшуюся сумму выплачиваю за минусом рассчитанного пени. Или надо сделать полны рассчет, а потом подавать в суд на взыскания этой суммы от пени.