Что она может сделать, если решит выйти на работу в сентябре этого года, т.е. через год?

В Вашем приказе о приеме на работу или трудовом договоре есть ссылка на то, что Вы приняты на период декретного отпуска сотрудника? Если нет, то ее выход не означает Ваше увольнение. Вместе работать будете. При заключении срочного трудового договора нужно соблюсти требование ст. 57 ТК РФ: указать дату начала работы, срок действия трудового договора и обстоятельства (причины), послужившие основанием для заключения срочного трудового договора в соответствии с ТК РФ или иным федеральным законом, которые обязательно фиксируются в договоре. Причем указанные обстоятельства должны быть обоснованы, потому что при отсутствии достаточных оснований для заключения трудового договора на определенный срок этот договор в случае возникновения трудового спора будет признан заключенным на неопределенный срок (ст. 58 ТК РФ). И руководствуясь основанием срочности, указанном в Вашем трудовом договоре (основания, по которым может быть заключен срочный трудовой договор, указаны в ст. 59 ТК РФ) и можно сделать вывод о том, когда закончится Ваш договор- с выходом временно отсутствующего работника или с окончанием проекта. Ваше условие о срочности, прописанное в трудовом договоре, связано только с окончанием проекта?