Как решить этот вопрос может через суд?

Добрый день. Вы как физическое лицо материально-ответственное внесете оплату по налогу НДС Вам необходимо написать жалобу в прокуратуру на незаконные действия работодателя. Хорошего приятного дня.

Если Вы заключали договор о полной материальной ответственности, то удерживать имеют право; Хотя, правда обычно такого рода деятельность в приличных организациях страхуется. Уточните этот момент у работодателя;

"Трудовой кодекс Российской Федерации" от 30.12.2001 N 197-ФЗ (ред. от 29.07.2017)

""ТК РФ, Статья 243. Случаи полной материальной ответственности

Путеводитель по кадровым вопросам. Вопросы применения ст. 243 ТК РФ

Материальная ответственность в полном размере причиненного ущерба возлагается на работника в следующих случаях:

""1) когда в соответствии с настоящим Кодексом или иными федеральными законами на работника возложена материальная ответственность в полном размере за ущерб, причиненный работодателю при исполнении работником трудовых обязанностей;

""2) недостачи ценностей, вверенных ему на основании специального письменного договора или полученных им по разовому документу;

""3) умышленного причинения ущерба;

""4) причинения ущерба в состоянии алкогольного, наркотического или иного токсического опьянения;

(в ред. Федерального закона от 30.06.2006 N 90-ФЗ)

(см. текст в предыдущей "редакции)"

""5) причинения ущерба в результате преступных действий работника, установленных приговором суда;

""6) причинения ущерба в результате административного проступка, если таковой установлен соответствующим государственным органом;

""7) разглашения сведений, составляющих охраняемую законом тайну (государственную, служебную, коммерческую или иную), в случаях, предусмотренных федеральными законами;

(в ред. Федерального закона от 30.06.2006 N 90-ФЗ)

(см. текст в предыдущей "редакции)"

""8) причинения ущерба не при исполнении работником трудовых обязанностей.

""Материальная ответственность в полном размере причиненного работодателю ущерба может быть установлена трудовым договором, заключаемым с заместителями руководителя организации, главным бухгалтером.

(в ред. Федерального закона от 30.06.2006 N 90-ФЗ)

(см. текст в предыдущей "редакции)"