Если наша организация перечисляет долг кредитору - физ. лицу и банк берет с нас сумму за облуживание ЕГО счета

Такого не может быть. Банк не имеет права брать суммы за обслуживание счета третьего, по отношению к договору на расчетно-кассовое обслуживание, лица. Обязательство не создает обязанностей для этих третьих лиц, не участвующих в обязательстве. Поэтому, если в условиях договора на расчетно-кассовое обслуживание с банком у Вас предусмотрено взимание платы за проведение операций по ВАШЕМУ счету, то это никоим образом не отражается на исполнении обязательств по возврату долга. То есть не вычитается.