Меня вызвал командир роты и сообщил, что я задолжал ЕРЦ за звание с 2012 года. Что делать в такой ситуации? Имеют ли они право вычесть всю сумму задолжности сразу?

Ничего не делайте. Ждите назначение судебного заседания.

ГК РФ Статья 1109. Неосновательное обогащение, не подлежащее возврату

Не подлежат возврату в качестве неосновательного обогащения:

3) заработная плата и приравненные к ней платежи, пенсии, пособия, стипендии, возмещение вреда, причиненного жизни или здоровью, алименты и иные денежные суммы, предоставленные гражданину в качестве средства к существованию, при отсутствии недобросовестности с его стороны и счетной ошибки.