Противоречие между ФГОС и Рекомендациями по реализации образовательных программ СПО на базе основного общего образования

Доброго дня! Уважаемые профессионалы, разрешите, пожалуйста, наши сомнения. Я методист образовательной организации среднего профессионального образования. При реализации образовательных программ СПО на базе основного общего образования мы руководствуемся ФГОС среднего общего образования от 17 мая 2012 г №413 (в ред. Приказов Минобрнауки России от 29.12. 2014 г. №1645, от 31.12. 2015 г. № 1578, от 29.06. 2017 г. №613) и Рекомендациями по организации получения среднего общего образования в пределах освоения образовательных программ СПО (Письмо Министерства образования и науки РФ от 17 марта 2015 г. № 06-259), которые разработаны на основе ряда документов (и ФГОС среднего общего образования в том числе). Но после изменений, внесённых в стандарт в 2015 и 2017 годах, требования этих двух документов не совпадают. Например: 1) во ФГОС "Русский язык" и "Литература" - это два предмета одной предметной области "Русский язык и литература", а в Рекомендациях это один предмет "Русский язык и литература" предметной области "Филология"; 2) во ФГОС предмет "Математика"предметной области "Математика и информатика", а Рекомендациях - "Математика: алгебра и начала математического анализа, геометрия". Контролирующие органы настаивают на том, что мы как учреждение СПО должны руководствоваться Рекомендациями, а все изменения внесённые во ФГОС среднего общего образования касаются только общеобразовательных организаций. На мой взгляд это не так. Очень хочется узнать мнение специалиста в области образования. Спасибо. Вьюникова Светлана Владимировна, методист.