Какие проблемы могут возникнуть при покупке комнаты с оформленным ИП и что делать в таком случае?

Не понятно, что Вы имеете ввиду оформленным ИП?. Если там остается зарегистрированным какой-либо гражданин, то Вы сможете выселит его после приобретения права собственности, если он это не сделает самостоятельно;