Можно ли попросить суд уменьшить неустойку, учитывая новые условия по графику платежей и непостоянство начисления?

В общем случае неустойку банк вправе начислять до фактического исполнения обязательства.

Но. В данном случае, как я правильно понимаю, у банка уже есть исполнительный лист с определенной суммой неустойки и он включился с этой суммой в реестр требований кредиторов? Начисление дополнительной неустойки прекращается (приостанавливается) при рассмотрении дела о банкротстве и введении соответствующих банкротных процедур. Дополнительно начисленную неустойку банк пусть подтвердит вступившим в законную силу решением суда (что очень маловероятно).

Суд, конечно же в рамках банкротного дела при заключении мирового соглашения снижать неустойку не будет, ему какой текст соглашения принесете - такой и утвердит.

При заключении мирового соглашения обе стороны добровольно договариваются относительно его условий, принудить Вас подписать мировое соглашение на не приемлемых для Вас условиях не сможет ни банк, ни судья. Поэтому нужно договариваться, и в зависимости от конкретных обстоятельств, в т.ч. "политических" Вам нужно постараться убедить банк в необоснованности накручивания неустойки.

Все будет зависеть от Вашего умения вести переговоры.

Удачи Вам!

Отмечу также, что арбитражные суды крайне редко применяют ст. 333 ГК РФ.