Проблемы с налоговой - требование оплаты НДС для ООО на УСН и арест счета в банке

Извините, но из Вашего текста складывается мнение о том, что Общество просто оформлено на Вас (участник), но фактически деятельностью занимаются иные лица, то есть "номинальный директор".

Согласно пункту 5 ст. 346.11 Налогового Кодекса РФ Организации и индивидуальные предприниматели, применяющие упрощенную систему налогообложения, не освобождаются от исполнения обязанностей налоговых агентов, а также обязанностей контролирующих лиц контролируемых иностранных компаний, предусмотренных настоящим Кодексом.

пункт 2 ст. 346.11 НК РФ Применение упрощенной системы налогообложения организациями предусматривает их освобождение от обязанности по уплате налога на прибыль организаций (за исключением налога, уплачиваемого с доходов, облагаемых по налоговым ставкам, предусмотренным пунктами 1.6, 3 и 4 статьи 284 настоящего Кодекса), налога на имущество организаций (за исключением налога, уплачиваемого в отношении объектов недвижимого имущества, налоговая база по которым определяется как их кадастровая стоимость в соответствии с настоящим Кодексом). Организации, применяющие упрощенную систему налогообложения, не признаются налогоплательщиками налога на добавленную стоимость, за исключением налога на добавленную стоимость, подлежащего уплате в соответствии с настоящим Кодексом при ввозе товаров на территорию Российской Федерации и иные территории, находящиеся под ее юрисдикцией (включая суммы налога, подлежащие уплате при завершении действия таможенной процедуры свободной таможенной зоны на территории Особой экономической зоны в Калининградской области), а также налога на добавленную стоимость, уплачиваемого в соответствии со статьей 174.1 настоящего Кодекса.

Или же как продавец выставили покупателю счет-фактуру с выделением суммы НДС (пункт 5 ст.173 НК РФ).