Как мне выйти из данной ситуации, чтобы ввести здание в эксплуатацию?

Не хочется Вас разочаровывать, но если через суд от районного суда вплоть до Верховного Суда РФ при рассмотрении административного искового заявления в рамках ст.218-219 КАС РФ будет признано отсутствие Вашего права на регистрацию недостроя, то по сути это "приговор". Дальше разве что подавать жалобу в ЕСПЧ - Европейский суд по правам человека.

К сожалению, если и администрация, и все суды Вам откажут - Вам невозможно будет ввести объект в эксплуатацию, ст.55 ГрК РФ. Возможный выход из ситуации - пойти уже с другими требованиями в суд - с иском о признании права собственности на здание. Если. Ваше строение не нарушает чьих-либо прав и законных интересов. Соответствует строительным, противопожарным нормам и Вы это докажете в суде.

Можно осоприть отказ администпации в суд. ст.218, 219 КАС РФ. Так как некоторые из оснований отказа надуманы, не соответствуют закону. Тем более 3 пункт им нужно доказать, по первому пункту замечание устранено. А то,что вода подведена в здание, а нет на плане - с этим можно "побороться".

КАС РФ Статья 62. Обязанность доказывания

1. Лица, участвующие в деле, обязаны доказывать обстоятельства, на которые они ссылаются как на основания своих требований или возражений, если иной порядок распределения обязанностей доказывания по административным делам не предусмотрен настоящим Кодексом.

2. Обязанность доказывания законности оспариваемых нормативных правовых актов, актов, содержащих разъяснения законодательства и обладающих нормативными свойствами, решений, действий (бездействия) органов, организаций и должностных лиц, наделенных государственными или иными публичными полномочиями, возлагается на соответствующие орган, организацию и должностное лицо. Указанные органы, организации и должностные лица обязаны также подтверждать факты, на которые они ссылаются как на основания своих возражений. По таким административным делам административный истец, прокурор, органы, организации и граждане, обратившиеся в суд в защиту прав, свобод и законных интересов других лиц или неопределенного круга лиц, не обязаны доказывать незаконность оспариваемых ими нормативных правовых актов, решений, действий (бездействия), но обязаны:

1) указывать, каким нормативным правовым актам, по их мнению, противоречат данные акты, решения, действия (бездействие);

2) подтверждать сведения о том, что оспариваемым нормативным правовым актом, решением, действием (бездействием) нарушены или могут быть нарушены права, свободы и законные интересы административного истца или неопределенного круга лиц либо возникла реальная угроза их нарушения;

3) подтверждать иные факты, на которые административный истец, прокурор, органы, организации и граждане ссылаются как на основания своих требований.

3. Обстоятельства, имеющие значение для правильного разрешения административного дела, определяются судом в соответствии с нормами материального права, подлежащими применению к спорным публичным правоотношениям, исходя из требований и возражений лиц, участвующих в деле. При этом суд не связан основаниями и доводами заявленных требований по административным делам об оспаривании нормативных правовых актов, решений, действий (бездействия), соответственно принятых или совершенных органами государственной власти, органами местного самоуправления, иными органами и организациями, наделенными отдельными государственными или иными публичными полномочиями, должностными лицами, государственными или муниципальными служащими, а также по административным делам о защите избирательных прав и права на участие в референдуме граждан Российской Федерации.

Через суд вполне можете признать право собственности,

В силу ст. 51 п. 17 Градостроительного кодекса РФ п.2 ст. 3 ФЗ РФ «Об архитектурной деятельности в Российской Федерации» выдача разрешения на строительство не требуется в случаях, если такие изменения не влекут за собой изменения внешнего архитектурного облика сложившейся застройки города и отдельных объектов, не затрагивают конструктивные и другие характеристики их надежности и безопасности, не нарушают права третьих лиц и не превышают предельные параметры разрешенного строительства, реконструкции, установленные градостроительным регламентом.

Согласно ч.1, ч.2 ст. 218 ГК РФ право собственности на новую вещь, изготовленную или созданную лицом для себя с соблюдением закона и иных правовых актов приобретается этим лицом.

В соответствии со ст. 219 ГК РФ право собственности на вновь создаваемое имущество, подлежащее государственной регистрации, возникает с момента такой регистрации.

В силу ч.1 ст.131 ГК РФ право собственности и другие вещные права на недвижимые вещи, ограничения этих прав, их возникновение переход и прекращение подлежат государственной регистрации в едином государственном реестре органами, осуществляющими государственную регистрацию прав на недвижимость и сделок с ней. Регистрации подлежит: право собственности, право хозяйственного ведения, право оперативного управления, право пожизненно наследуемого владения, право постоянного пользования, ипотека, сервитуты, а также иные права в случаях, предусмотренных настоящим Кодексом и иными законами.

В силу ст. 222 ГК РФ самовольной постройкой является здание, сооружение или другое строение, возведенные, созданные на земельном участке, не предоставленном в установленном порядке, или на земельном участке, разрешенное использование которого не допускает строительства на нем данного объекта, либо возведенные, созданные без получения на это необходимых разрешений или с нарушением градостроительных и строительных норм и правил. Право собственности на самовольную постройку может быть признано за лицом, в собственности которого находится земельный участок, где осуществлена постройка, осуществившем данную постройку, если сохранение данной постройки не нарушает права и охраняемые интересы других лиц, не создает угрозу жизни и здоровья граждан.

Пунктом 2 статьи 52 Градостроительного кодекса РФ определено, что строительство, реконструкция, капитальный ремонт объектов капитального строительства могут осуществляться физическими и юридическими лицами, которые соответствуют требованиям законодательства Российской Федерации, предъявляемым к лицам, осуществляющим строительство.

В соответствии со ст. 209 п.2 ГК РФ собственник вправе по своему усмотрению совершать в отношении принадлежащего имущества любые действия, не противоречащие закону и иным правовым актам и не нарушающие права и охраняемые законом интересы других лиц.

Согласно п.26 Постановления Пленума Верховного суда РФ и Пленума Высшего Арбитражного Суда РФ от 29 апреля 2010 года №10/22 «О некоторых вопросах, возникающих в судебной практике при разрешении споров, связанных с защитой права собственности и других вещных прав», рассматривая иски о признании права собственности на самовольную постройку, суд устанавливает, допущены ли при ее возведении существенные нарушения градостроительных и строительных норм и правил, создает ли такая постройка угрозу жизни и здоровью граждан. С этой целью суд при отсутствии необходимых заключений компетентных органов или при наличии сомнения в их достоверности вправе назначить экспертизу по правилам процессуального законодательства. Отсутствие разрешения на строительство само по себе не может служить основанием для отказа в иске о признании права собственности на самовольную постройку. В то же время суду необходимо установить, предпринимало ли лицо, создавшее самовольную постройку, надлежащие меры к ее легализации, в частности к получению разрешения на строительство и/или акта ввода объекта в эксплуатацию, а также правомерно ли отказал уполномоченный орган в выдаче такого разрешения или акта ввода объекта в эксплуатацию. Если иное не установлено законом, иск о признании права собственности на самовольную постройку подлежит удовлетворению при установлении судом того, что единственными признаками самовольной постройки являются отсутствие разрешения на строительство и/или отсутствие акта ввода объекта в эксплуатацию, к получению которых лицо, создавшее самовольную постройку, предпринимало меры. В этом случае суд должен также установить, не нарушает ли сохранение самовольной постройки права и охраняемые законом интересы других лиц и не создает ли угрозу жизни и здоровью граждан.

Согласно п. 28 Постановления Пленума Верховного суда РФ и Пленума Высшего Арбитражного Суда РФ от 29 апреля 2010 года №10/22 «О некоторых вопросах, возникающих в судебной практике при разрешении споров, связанных с защитой права собственности и других вещных прав», положения ст. 222 ГК РФ распространяются на самовольную реконструкцию недвижимого имущества, в результате которой возник новый объект.

1) Если замечание устранено, то это довод в Вашу пользу при обжаловании действий должностного лица в порядке ст.218-219 КАС РФ.

2) Тот факт, что вода не была учтена в плане, не говорит в пользу того, чтобы признать согласование такого плана незаконным в этой части и потребовать через суд согласования подведения воды в случае отказа во внесении изменений в план.

3) Если это только личные наблюдения должностного лица, то заключение эксперта поможет в разрешении спора. А если дело дойдет до суда, то судебного эксперта, которого назначат определением суда.

Кстати, как вариант, Вы вправе обжаловать незаконные действия должностного лица также вышестоящему должностному лицу и в прокуратуру перед обращением в районный суд в порядке КАС РФ. А заключение независимого эксперта поможет в таком обжаловании.