Правомерны ли действия сотрудников ДПС, остановивших отца после истечения срока действия прав?

Нет, фактически Ваш отец не имел права управления транспортным средством в связи с истечением его срока. Обращение в МФЦ значения не имеет. Надо было обращать в МРЭОРГИБДД там меняю в день обращения;

"Кодекс Российской Федерации об административных правонарушениях" от 30.12.2001 N 195-ФЗ (ред. от 05.02.2018)

""Статья 12.7. Управление транспортным средством водителем, не имеющим права управления транспортным средством

КонсультантПлюс: примечание.

При пресечении нарушений, указанных в ч. 1 и 2 ст. 12.7, применяются задержание ТС и отстранение водителя от управления.

""1. Управление транспортным средством водителем, не имеющим права управления транспортным средством (за исключением учебной езды), -

влечет наложение административного штрафа в размере от пяти тысяч до пятнадцати тысяч рублей.

(в ред. Федеральных законов от 21.03.2005 N 21-ФЗ, от 22.06.2007 N 116-ФЗ, от 24.07.2007 N 210-ФЗ, от 23.07.2013 N 196-ФЗ)

(см. текст в предыдущей "редакции")